Miestelis įsikūręs Nemuno ir Merkio upių santakoje, didžiųjų to meto kelių iš Vilniaus į Krokuvą ir iš Kauno į Gardiną kryžkelėje. Tai viena seniausių Lietuvos gyvenamų vietovių, garsios ir garbingos praeities miestas, buvęs žymus gynybinis, administracinis, prekybos, švietimo bei religijos centras.
XIV a. Merkinė minima svarbiausių rytų Europos miestų sąraše. rašytiniai šaltiniai Merkinę sieja su daugybe istorinių įvykių, o žmonėse apie ją yra daug padavimų – pasakų.
Archeologų nuomone pirmieji gyventojai Merkinės apylinkėse apsigyveno pačioje paleolito pabaigoje apie X -IX a.p.m.e. Senųjų gyventojų paliktus pėdsakus mena šiose vietovėse esančios gausios akmens amžiaus stovyklos, mezolito ir neolito epochų, žalvario amžiaus radiniai, aptiktos tų laikų stovyklavietės.
Dešiniajame Nemuno krante, tarp Stangės Merkio upių stūkso reikšmingiausias šios vietovės praeities liudininkas – Merkinės piliakalnis. Apie 20 m aukščio stataus kalno liekanos (didelę jo dalį nunešė sraunūs Stangės upelio vandenys) rodo, kad pilis buvo įrengta aukštame upių santakos kyšulyje, iš rytų pusės atskirtame didelio, plataus, staigiais šlaitais gynybinio griovio. Pagal aptiktas senosios gyvenvietės liekanas ir kultūrinį sluoksnį manoma, kad į rytus nuo piliakalnio, už gynybinio griovio, aukštoje didelio ploto kalvoje tarp Stangės ir Merkio buvo papilys.
Pagrindinė Merkinės vertybė – tai archeologinis paveldas (piliakalnis su papiliu ir miesto kultūrinis sluoksnis), išlikę du miesto ribą žymintys mūriniai stulpai. Ypatingai vertintinas miesto planas, kurio struktūrinis karkasas atėjęs iš XV a. Senoji jo dalis – urbanistikos paminklas, kuriame saugomas gatvių tinklas, aikštės planas, užstatymo elementai. Gotikinės bažnyčia, po perstatymo įgijusi ankstyvojo baroko bruožų yra architektūros paminklas. Joje yra 11 dailės paminklų. Labai reikšminga yra unikali Merkinės gamtinė situacija.